Das 3. Schnellbootgeschwader wurde durch Aufstellungsbefehl Nr. 70 -Marine- vom 13. September 1957 zum 1. Oktober 1957 in Flensburg-Mürwik aufgestellt. Zum Geschwader zählten außer dem Tender RHEIN zehn Boote der Klasse 140 (JAGUAR-Klasse). Das Geschwader nahm im Oktober 1958 erstmals an einem NATO-Manöver teil. Die wichtigsten Häfen, die während der Übungen und Manöver in außerheimischen Gewässern besucht wurden, waren La Pallice, Cherbourg, Brest und Lorient in Frankreich, Portland und Portsmouth in Großbritannien, in Norwegen Stavanger und Oslo sowie in Dänemark Kopenhagen. Später erfolgte die Umrüstung auf Boote der Klasse 148. Als Zwischenlösung entschied man sich im Herbst 1970, zwanzig Boote des Typs LA COMBATTANTE II bei der französischen Regierung zu bestellen. Jeweils zehn dieser unter der Typ-Klassenbezeichnung 148 bei der Marine eingeführten Boote waren für das 3. und 5. Schnellbootgeschwader vorgesehen. Dies hatte einen Austausch von Booten zwischen den beiden genannten Geschwadern zur Folge. Das 3. Schnellbootgeschwader übernahm dabei die Boote REIHER, WEIHE, PINGUIN und KRANICH vom 5. Schnellbootgeschwader und gab dafür die Boote WOLF, ILTIS, TIGER und LÖWE ab. 1972 begann dann die Umrüstung auf den neuen Bootstyp 148 mit Seeziel-Flugkörpersystem. S 41 TIGER war das erste Boot, das dem 3. Schnellbootgeschwader zugeteilt wurde. Mit Aufstellungsbefehl Nr. 220 -Marine- vom 6. April 1990 wurde zum 1. Juli 1990 eine Systemunterstützungsuntergruppe als selbständige Einheit des 3. Schnellbootgeschwaders eingerichtet, sie wurde mit Wirkung vom 30. September 1998 aufgelöst (Organisations-Änderungsweisung Nr. 1/98 -Marine- vom 24. November 1998). Das Geschwader wurde im Herbst 1998 aufgelöst. Der Tender RHEIN wurde dem 3. Minensuchgeschwader zugeteilt.

Einheiten 3. Schnellbootgeschwader:

         Klasse 140                   Klasse 148                 Tender Typ 401       Tender Typ 404

• P 6058 ILTIS             P 6141 S 41 TIGER      A 58 RHEIN            A 513 RHEIN
• P 6059 JAGUAR       P 6142 S 42 ILTIS
• P 6060 LEOPARD    P 6143 S 43 LUCHS
• P 6061 LUCHS          P 6144 S 44 MARDER
• P 6062 WOLF           P 6145 S 45 LEOPARD
• P 6063 TIGER           P 6146 S 46 FUCHS
• P 6064 PANTHER    P 6147 S 47 JAGUAR
• P 6065 LÖWE           P 6148 S 48 LÖWE
• P 6066 FUCHS          P 6149 S 49 WOLF
• P 6067 MARDER      P 6150 S 50 PANTHER

Kommandeure 3. Schnellbootgeschwader:

• Korvettenkapitän Haag, Heinz                      10.1957 - 08.1959
• Korvettenkapitän Wülfing, Bernhard             08.1959 - 01.1962
• Korvettenkapitän Künzel, Karl-Friedrich      01.1962 - 03.1963
• Fregattenkapitän  Dobenecker, Günter           04.1963 - 09.1966
• Korvettenkapitän Thäter, Klaus-Jürgen         10.1966 - 09.1968
• Korvettenkapitän Kruse, Egon                      10.1968 - 03.1971
• Fregattenkapitän  Meiburg, Hans                   04.1971 - 01.1974
• Fregattenkapitän  Ehlert, Klaus                      01.1974 - 03.1977
• Fregattenkapitän  Geier, Jürgen                      04.1977 - 01.1979
• Fregattenkapitän  Jacobi, Kurt Harald            02.1979 - 03.1981
• Fregattenkapitän  Hecker, Klaus                    04.1981 - (1984)
• Fregattenkapitän  Porrio, Günter                       (1984) - (1986)
• Fregattenkapitän  Poesze, J.                             (1986) - (1987)
• Fregattenkapitän  Krosigk von, F. W.               (1988) - (1990)
• Fregattenkapitän  Kampschulte, L.                    (1991) - (1992)
• Fregattenkapitän  Houtrouw, K. E.                    (1993) - (1994)
• Fregattenkapitän  Mannhardt, J.                         (1995) - (1996)
• Fregattenkapitän  Weber, G.                              (1996) - (1998)